Tổ tiên của Ất Phất hoàng hậu là thủ lĩnh của tộc Thổ Dục Hồn, về sau là chư hầu của Bắc Ngụy. Sau khi Bắc Ngụy chinh phục Bắc Lương năm 439, ông tổ của bà là Ất Phất Mộ Dung (乙弗莫瓌) đưa bộ tộc mình gia nhập Bắc Ngụy và trở thành tướng của Bắc Ngụy. Ba đời con cháu về sau của ông đều cưới các công chúa Bắc Ngụy, và các cháu gái ông đều trở thành vương phi kết hôn với các hoàng thân Bắc Ngụy. Cha bà là Ất Phất Viện (乙弗瑗) là một tiết độ sứ, mẹ bà là Hoài Dương công chúa (淮陽公主), con gái của Bắc Ngụy Hiếu Văn Đế.

Năm 525, khi 15 tuổi, Ất Phất thị kết hôn với Nguyên Bảo Cự, lúc đó 21 tuổi và đang là tướng lĩnh dưới triều đại của Bắc Ngụy Hiếu Minh Đế, nhưng lúc đó không có tước hiệu nào vì cha ông là Kinh Triệu vương Nguyên Du (元愉) đã bị tước bỏ phong hiệu trong chiến loạn. Năm 535, khi Bắc Ngụy bị phân liệt ra thành Đông Ngụy và Tây Ngụy, Nguyên Bảo Cự được tướng Vũ Văn Thái đưa lên làm hoàng đế, tức Tây Ngụy Văn Đế. Văn Đế phong Ất Phất thị làm hoàng hậu và con trai Nguyên Khâm là hoàng thái tử.